심재덕 시장은 화성행궁 복원사업에 이어 화성의 세계문화유산 등재를 추진했다. 수원시의 각 부서도 경쟁적으로 화성관련 사업을 시작했다. 화성사업을 통합하고 체계적인 추진을 위해서 2003년 6월 10일 화성사업소가 출범했다. 화성사업소는 수원시 각 부서에서 추진하던 사업을 모두 인수받아 추진했다.

화성사업소는 관리과와 시설과 2개과로 편제됐다. 관리과는 서무계와 운영계, 공연계로 나뉘었다. 서무계는 화성사업소의 전반적인 행정과 후생복리를 담당했다. 운영계는 화성행궁의 운영을 맡았다. 공연계는 화성행궁에서 행해지는 각종 공연을 담당했다.

관리과는 세계문화유산 화성의 홍보 및 안내와 문화관광해설사 관리업무, 그리고 화성장용영 수위의식 재연과  화성 및 행궁 입장료 징수업무, 토요상설공연, 무예24기 운영, 화성행궁 체험관광, 혜경궁 홍씨 진찬연, 정조대왕 친림 과거시험, 장헌세자 혜빈홍씨 가례, 장용영 야간군사훈련, 화성행궁 기획공연 등을 담당했다.

시설과는 시설관리계와 시설계획계, 시설공사계, 시설보호계로 편제됐다. 시설관리계는 사업시행지 보상과 시설물 관리를 담당했다. 시설계획계는 화성관련 사업계획수립과 문화시설 사업을 맡았다. 시설공사계는 화성관련 전반적인 공사를 추진했다. 시설보호계는 화성행궁복원사업과, 화성관련 문화재 분야의 업무를 담당했다.
 
화성사업소 시설과의 업무를 살펴보면 화성성역화사업 계획수립, 화성열차 운행, 팔달공원 및 성곽주변 공원관리, 역사유적복원사업, 장안문 성곽잇기사업, 연무대 주변개선사업, 영화문화 관광지구 도시개발사업, 화성박물관건립, 종루복원공사, 행궁광장조성, 화성홍보관 건립, 화성주변 조명사업, 화성시설물 CCTV설치 및 무인경비 시스템관리 등 수많은 업무를 추진했다.

화성사업소는 출범 3년쯤 되자 1년 예산 1000억원을 집행하는 거대한 조직이 됐다.

그런데 문제가 발생하기 시작했다. 2003년 화성사업소에 발령 받아 3~4년 동안 열심히 근무한 직원들이 화성사업소를 떠나기를 원했다. 진급이 어렵기 때문이었다. 진급을 이유로 고참 직원을 시청으로 보내주다 보니 업무가 단절되는 상황이 발생했다.

그 때는 화성이 세계문화유산으로 등재된 지 10여년이 되어갈 무렵이었다. 화성은 이미 100만 명이 넘는 관광객이 방문할 때였기에 더욱 심각했다. 그래서 찾은 해법이 화성사업소 산하에 재단법인을 설립하는 것이었다. 재단법인을 설립할 경우 인사와 예산, 사업집행을 독립적으로 집행할 수 있었기 때문이다. 

또 전문가의 채용도 가능했고 인사이동이 없어 전문가의 양성도 용이했다. 안정적인 인력관리를 통해 수원화성과 화성행궁의 효율적인 운영이 가능할 것이라고 생각했다. 그리고 각종 시설물에 대한 유지보수 및 관리와 집행기능 또한 합리적으로 관리될 것이라고 판단했다. 

무엇보다도 관광활성화를 통한 수익증대에도 도움이 될 것이라고 생각했다. 그래서 주변 사람들을 설득하기 시작했다. 김용서 시장께 이런 사항을 보고했다. 그러자 김 시장은 재단을 만드는 것은 시간이 걸리니 우선은 일 잘하는 직원이 있으면 이름을 적어 오라고 했다. 그리하여 화성사업소는 일 잘하는 직원들을 데려올 수 있었다. 이렇게 한다고 근본 문제가 해결되는 것은 아니었다.

2006년 8월23일 재단법인 설립 기본계획을 수립해서 시장에게 보고하자 흔쾌히 승낙했다. 그래서 재단법인 설립이 기정사실로 받아들여졌다. 이어 2006년 9월 8일 부시장이 위원장인 수원시 시정조정위원회에 화성운영재단 설립 안건을 올렸다. 원안 가결됐다. 

이어 수원시의회 문화복지위원을 대상으로 보고회를 개최했다. 문화복지위원회는 뒤늦은 감이 있다면서 긍정을 넘어 재단을 더 확대해야 한다고 했다. 2007년 1월 3일에는 화성운영재단 설립 및 운영에 관한 조례가 공포돼 재단설립의 기본요건이 마련됐다.

조례가 제정됨에 따라 재단설립의 속도가 나기 시작했다. 화성사업소는 재단에 위임할 업무준비에 들어갔다. 한편으로는 재단정관 마련작업에 착수했다. 제일 중요사항은 재단임원 구성안을 마련하는 것이었다. 임원은 15명으로 정해졌다. 

당연직 5명은 수원시장, 화성사업소장, 수원시의회는 문화복지위원장, 의회추천 1인, 운영재단 사무국장 1인으로 구성됐다. 위촉직은 수원화성관련 문화단체장 4인, 일반시민 2인, 기관단체장 1인, 여성계 1인, 전문가 2인으로 정해졌다. 

감사 2인 중 당연직은 화성사업소 관리과장, 위촉직은 변호사 또는 공인회계사 1인으로 정관이 결정됐다. 수원시가 출자하는 단체이므로 수원시장이 재단 이사장이 되는 것은 당연한 일이었다. 그러나 실제로 책임지고 재단을 이끌어 가는 것은 상임이사가 맡게 된다. 그런데 상임이사라는 명칭은 대내외적으로 위상이 떨어진다는 느낌이 들었다. 

그래서 고민을 하게 됐다. 당시 수원에는 수원문화재단이 없었다. 멀지않은 시기에 수원문화재단이 발족되는 것도 고려했다. 그래서 다른 단체들의 사례를 찾게 됐다. 경기문화재단이 상임이사 대신 대표이사 명칭을 사용하는 것을 알게 됐다. 화성운영재단에서도 대표이사 명칭을 사용하기로 결정했다.

그리고 재단 편제는 1사무국, 2팀, 직원 7인으로 결정됐다. 정관이 결정됨에 따라 4월 20일에는 화성운영재단 준비요원 4명이 화성사업소로 발령이 났다. 준비단장은 화성사업소 김주홍 관리과장이 겸직했다. 

당시 실무담당 계장은 김기배(현 수원시 문화관광국장) 운영계장이 담당했다. 2007년이 되자 김 계장은 장기교육을 가게 됨에 따라 후임은 길영배(현 수원문화재단 대표이사)계장이 담당했다. 실무는 신성용 주사(현 팔달구 매산동장)가 담당했다. 

준비단은 화성운영재단 출범 준비를 계획서에 의거 차근차근 준비해 나갔다. 그리고 사무국장과 직원 채용도 함께 추진했다. 한편에서는 임원인선에 들어갔다. 당연직은 김용서 수원시장, 김충영 화성사업소장, 김종기 문화복지위원장, 홍종수 수원시의회 의원이 결정됐다. 

위촉직은 김영기 경기민예총 회장, 김동훈 경기도건축가회 회장, 김이환 화성연구회 이사장, 김장오 여성단체협의회장, 신중진 성균관대 교수, 엄서호 경기대 교수, 우제찬 무예24기 보존회 이사, 유병헌 수원문화원장, 이장우 화성문화재단 이사장, 최극렬 지동시장 대표이사, 권오규 전시의원, 장성근 변호사, 김주홍 화성사업소 관리과장이 결정됐다.

행정절차가 마무리 되어가자 2007년 6월 18일 재단법인 화성운영재단 설립 발기인대회가 개최됐다. 이 자리에서 화성운영재단 이사장은 당연직으로 김용서 수원시장이 선임됐다. 대표이사는 김영기 경기민예총 회장, 감사는 김주홍 화성사업소 관리과장, 장성근변호사가 결정됐다. 그 외 임원은 이사로 결정됐다. 

이어 7월 12일에는 경기도로부터 재단법인 화성운영재단 법인설립인가를 받게 됐다. 7월 24일 수원지방법원으로부터 법인설립 등기가 완료됨으로써 화성운영재단 설립 행정절차가 완료됐다. 이미 직원채용도 완료돼 화성운영재단은 7월 31일을 기해서 업무를 개시했다. 

화성운영재단은 2007년 9월 1일 팔달구 남창동 68-5 화성사업소 4층에 사무실을 마련하여 출범했다. 수원화성운영재단은 이사장 김용서 수원시장, 대표이사 김영기, 사무국장 정연배가 집행부를 맡았다. 사무국은 팀장2명과 직원 7명, 화성사업소에서 인계받은 현장인력으로 구성되었다. 

한편으로 화성운영재단이 출범하자 새로운 문제가 발생했다. 화성운영재단이 문화관광과 산하에 편제됨에 따라 화성업무는 또 다시 문화관광과, 화성사업소, 화성운영재단으로 이어진 삼원체제가 됐다. 화성사업소는 관리과가 폐지되자 시설과만 남게 되어 화성의 복원·정비 사업만 담당하는 부서로 위축됐다. 

화성운영재단은 2010년 7월 1일 민선5기 염태영시장의 취임으로 새로운 전기를 맞게 된다. 2010년 7월 수원문화재단 설립구상(안)이 마련됐다. 그리고 2011년 1월 20일 화성운영재단 제2대 대표이사에 유완식 전 팔달구청장이 취임했다.

이어 2011년 4월 수원문화재단 설립타당성 검토 연구용역이 완료됐다. 용역 결과에 세계문화유산 화성과 21세기 수원 문화역량 확대를 위해서 화성운영재단을 수원문화재단으로 확대 개편하는 안이 제시됐다. 

그리하여 수원문화재단 설립 행정절차를 완료하고 2012년 2월 20일 화성홍보관에서 출범식을 가졌다. 수원문화재단은 이사회와 3본부, 1단, 1개소, 8팀 체계로 출범했다. 이사장 염태영 수원시장, 대표이사 유완식 화성운영재단 대표이사가 선임됐다.

3본부는 경영지원본부, 문화사업본부, 관광사업본부로 편제됐고, 1단은 축제기획단이 설치됐다. 1개소는 수원학연구소가 편제됐다. 8팀은 경영지원팀, 기획홍보팀, 예술지원팀, 창작지원팀, 문화시설팀, 관광기획팀, 운영1팀, 운영2팀으로 구성됐다.

화성운영재단은 설립 5년이라는 짧은 기간 존속하면서 수원문화재단에 초석을 놓아주고 역사속의 단체가 됐다.