참여정부 시절인 2005년에 도입된 쌀 소득보전 직불제는 추곡수매제 폐지에 따라 정부가 정한 목표가격과 당해연도 수확기 산지 전국평균 쌀값과의 차액 85%를 직불금으로 보전해주는 제도다.
쌀 소득보전 직불금은 1998년부터 2000년까지 논농업에 이용된 지급대상농지에 실제 경작을 하는 농업인에게 농지면적당 일정금액(2006년 70만 원/ha)을 지급하는 '고정직불금'과 그해 쌀값이 사전에 정해진 목표가격보다 낮은 경우 그 차액의 85%를 지급하는 '변동직불금'으로 구분된다.
1961년부터 정부는 식량증산 목적으로 시장가격보다 높은 가격으로 벼를 매입하는 추곡수매제를 운용해왔다. 1977년에 쌀 자급이 이뤄졌지만, 역대 정부는 농가소득 중 쌀 소득의 비중이 크다는 점을 고려해 2004년까지 추곡수매제를 유지해왔다.
그러나 추곡수매제는 1995년 발효된 세계무역기구(WTO)협정 상 '생산·무역에 영향을 미치는 보조금'으로서 감축할 보조금에 해당돼 1995년 이후 수매량이 대폭 축소됐다.
우리 정부는 2004년 도하개발어젠다(DDA)협상 과정에서 쌀 생산농가 피해경감 및 소득보전을 위해 쌀 소득 직불제 도입을 추진했다.
그 결과 2005년 추곡수매제를 폐지하는 대신 식량안보 목적의 공공비축제를 도입해 수확기 물량을 흡수하고 농가소득 보전을 위해 기존의 논 '농업 직불제'와 '쌀 소득보전 직불제'가 현행의 제도로 통합 개편됐다.
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